Liquid Snake, par l'intermédiaire du corps d'Ocelot, fait référence au problème dès "Metal Gear Solid 2" : "Tu es rattrapé par le temps ? Je sais ce que c'est, frérot. Notre matériel génétique est très vieux ! Big Boss avait la cinquantaine quand il a été cloné".
L'équation est plus terrible qu'on ne pourrait le croire : né dans les années 70, Solid Snake avait dépassé les quatre-vingt ans d'âge génétique à  l'époque de Shadow Moses. En 2009, à  l'époque de la destruction du premier Arsenal Ray, il a fêté ses quarante bougies, approximativement... mais physiquement, il avait plutôt dans les quatre-vingt-dix ans.
"Metal Gear Solid 4" sera le dernier épisode où l'on verra Solid Snake.

Et celui qui cimentera un peu toutes ces sous-intrigues disparues comme par magie, j'espère.