Petit résumé de l'histoire pour les ceusses qui ne connaissent pas l'univers du jeu. Pour les références aux lieux, se référer à  la carte

Tout commence lorsque Lyn, jeune nomade des plaines de Sacae, découvre avec effarement qu'elle est en réalité l'héritière du petit duché de Caelin. Deux chevaliers prennent sur eux de la rammener en son fief, malgré la menace du grand oncle oncle de Lyn (dont le vrai nom est Lyndis), qui voit d'un mauvais oeil le retour de cette bâtarde.
Les complots familiaux échouent et Lyn parvient à  retrouver son grand-père, seul membre encore vivant de sa famille. Durant son périple, la jeune fille s'est liée d'amitié avec Eliwood, héritier du duché de Pherae. Ce même Eliwood dont le père a disparu depuis un certain temps, ce qui cause un grand émoi au sein du la population. Malade d'inquiétude, Eliwood se met à  la recherche de son père, accompagné de son meilleur ami, Hector, dont le frère Uther est le dirigeant principal de l'Union de Lycia.
Eliwood découvre que la disparition de son père et les nombreux problèmes que connait actuellement son pays sont le fait de la Griffe Noire, sorte d'organisation terroriste à  vendre au plus offrant. Le marionnettiste de cette organisation s'avère être le druide Nergal, qui, au moyen de créatures crée par lui à  l'image des humains, contrôle le chef légitime de la Griffe Noire. Le but de Nergal est de s'emparer du pouvoir ancien des dragons, bannis de la terre après de violents combats. Dans ce but, il cherche à  s'emparer de Nils et Ninian, deux dragons à  l'apparence humaine perdus sur Terre, qui, ironiquement, ont trouvé refuge auprès d'Eliwood, par l'entremise de Lyndis qui décide d'accompagner les deux seigneurs après que la Griffe Noire s'en soit prise à  ses terres.
Eliwwod arrive trop tard pour empêcher Nergal de sacrifier son père aux pouvoirs de la porte des Dragons. Cependant, avec l'aide du Sage Athos, le seul être à  avoir pu crée un village où les dragons et les humains vivent en harmonie, Eliwood, Hector et Lyndis parviennent à  mettre fin aux agissements de Nergal, rétablissant la paix en Lycia mais aussi en Bern-Biran (ils sauvent le prince héritier et sa soeur d'un complot) et, accessoirement, empêchent la destruction complète du monde.

(s'il y a d'autres questions... je veux bien aider ^^)