Pour les créatures jumelles la première fois que je l'ai vu dans un anime de mécha, c'était dans macross 7, bien plus ancien que Eva. 
Pour la dimension alternative dans le corps de l'ennemi, c'est assez courant (notamment Macross 7 par exemple encore une fois) même dans des anime qui ne sont pas de mécha

Quand à  la définition de son identité par rapport à  autrui, on a ça dans quasiment tout les anime (pas juste de mecha).

En plus la robe jaune en dehors de ça, les 2 persos qui la porte n'ont rien en commun et c'est dans des cas très différent (sinon, la robe que porte souvent Rukia dans bleach est aussi un pompage à  eva).

Les organisme géant salvateur fabriqué à  partir d'ennemi, encore une fois, c'est assez courant (et pas seulement dans les anime de mecha)

Quand au Heros comme l'a dit Ravnek, il est assez éloigné de Shinji, il est bien moins renfermé, a plus de caractère, n'a pas de tendance homosexuel, est beau et n'est pas atteint d'un complexe d'oedipe. Je ne l'ai pas trouvé si autiste que ça, il doute, mais comme beaucoup de persos dans son cas (c'est le cas d'Ichigo dans bleach quand il se retrouve submergé par son hollow, face à  son impuissance ou bien obligé de tuer, c'est aussi le cas de Shirou dans Fait stay night ou de Naruto par moment, en vérité, c'est typique chez les héros de shonen)

Quand à  Yuusha Raideen, je me suis un peu renseigné et en effet du point de vue design, on sent clairement l'inspiration (enfin, je me base sur les remake de la série), on la sent aussi dans les thème; lson début(un robot enfermé dans un oeuf) et dans les ennemis (si c'est ça, Eva s'inspire aussi de cette série).

Quand à  Eva et son univers canonique, tout oeuvre un temps soit peu travaillé a un unvers complet comme celui d'Eva (que ce soit, One piece, Evangelion, bleach, Naruto, Bastard ou d'autres série, comme Rahxephon) si celui d'Eva est plus canonique que d'autre, c'est car ses fan l'ont rendu mythique en en parlant (il n'y avait pas tant de niveau de lecture dans Eva, Eva est un bonne anime de mécha, pas une oeuvre philosophique, c'est les fan qui ont inventé des niveau de lecture à  force d'en parler).

Tout ces plan dont tu parle sont assez courant dans les série d'anime.